公司章程與公司出資協議的不同：
一、公司章程是公司必備文件，而公司出資協議則是任意性文件
《公司法》規定，公司必須要有章程。也就是說一個公司要想成功成立，前提就是要有公司章程。而公司出資協議不是公司成立的必備要件，除了外商投資企業和股份有限公司，法律要求要簽訂出資協議外。因此在實踐中，會出現有的發起人在出資時沒有簽署公司出資協議，未明確股東之間的權利和義務，其實這樣的做法是不利于公司將來的發展的。
二、公司章程與公司出資協議的約束力不同
公司章程的約束力遠大于公司出資協議。公司章程對公司、股東、董事、監事、高級管理人員都有約束力。也就是說公司章程的范圍涉及到整個公司的管理、公司的一切人員。公司出資協議約束的范圍就小的很多，從設立的目的就可以看出，主要約束的是發起人，就是說誰在公司出資協議上簽字就約束誰。
三、公司章程與公司出資協議的效力期限不同
公司章程的效力期限是與公司同生共死的，就是說從公司成立到運營再到公司解散清算這期間，公司章程都是有效力的。公司出資協議是在公司設立期間簽訂的，所以它的效力期間是從設立行為開始到公司成立為止。
四、公司章程與公司出資協議的性質不同
公司章程是要式法律文件，制定要求較高。《公司法》對章程的內容有明確規定，公司章程必須按《公司法》的規定制定。而公司出資協議一般是不要式法律文件，作為發起人之間的合同，主要根據發起人的意思表示形成，其內容更多地體現了發起人的意志和要求，就設立協之而言，需要遵守合同法的一般規則即可。
五、公司章程與公司出資協議的效力不同
當公司章程與公司出資協議發生沖突時，應該以公司章程為準。因為出資協議的存續期間到公司成立為止，意味著公司成立時，出資協議的效力就終止了。再者，出資協議時內部協議，除參與簽署的股東之外，甚至公司董事、高級管理人員等可能都不知道其內容。而公司章程就不一樣，它是公開文件，其目的是為了能讓公司投資者、債權人、交易對象了解公司的組織與運行。還有就是公司章程的存續期間遠遠長于公司出資協議。最后，在司法實踐中，當公司成功設立之后，當事人以出資協議為依據提起的民事訴訟，法院一般是不予支持的。所以，公司章程的效力高于公司出資協議。